分子量（SDS-PAGE电泳法）：主要用于鉴别蛋白的表观分子量，用于定性，主要采用SDS-PAGE电泳法对蛋白的还原分子量进行检测，可指定相关的质量标准。

肽图分析：目的是在一级氨基酸序列水平上比较不同批次产品间的一致性，更多的是关注氨基酸修饰或断裂情况。首先对供试品进行变性、还原与烷基化后，然后对供试品溶液进行胰蛋白酶的酶切处理后，最后上液相进行色谱分析。

等电点：主要利用毛细管等电聚焦法鉴别蛋白质等电点。

Western Blotting：主要利用那个聚丙烯酰胺凝胶电泳对蛋白样品进行分离，然后转移至硝酸纤维薄膜上，之后用蛋白溶液（如5%BSA等）进行封闭处理，然后依次用一抗、二抗分别进行孵育处理，进而显示目的蛋白的位置。

二甲基硅油、泊洛沙姆和吐温等均可通过HPLC-ELSD进行分析检测，并通过对照品外标法进行样品的杂质含量检测。

MSX、抗生素等小分子残留可通过LC-MS/MS方式，进行残留的定量检测。

Protein A残留可采用相关的试剂盒，利用酶标免疫反应原理，进行Protein A残留检测。

总蛋白残留一般可根据中国药典通则0731蛋白质含量测定法进行相关检测。

酸、碱性峰质谱鉴定：分两步，首先利用HPLC馏分收集器对酸、碱性峰进行富集，并确认富集峰的正确性，然后对富集的酸、碱性峰以及主峰进行分子量和翻译后修饰的质谱鉴定， 从而推断酸、碱性峰可能存在的修饰（包括修饰种类和修饰比例）或断裂位点。